チャングムの、チョンホへの気持ちを確認した中宗。翌朝、中宗はチョンホに、自分のチャングムへの思いを告白。あるものを賭け、チョンホと弓の競争をする。一方后は、中宗の意思を確認し、チャングムを側室にする準備を始める。
チョンホは中宗に拝謁し、中宗の臣下としての自分のあり方とチャングムへの思いを直訴。チョンホの言葉をうけ、中宗も自分なりのチャングムへの愛し方を考え、王命を下す。それは君主としての命令であり、一人の男性としての願いでもあった・・・。
キョンウオン王子の天然痘を治したことから、中宗はチャングムに品階を与え、再び王の主治医を命じる。イクピル率いる内医院(ネイウォン)は王命に従うと表明。チャングムに刺激され、内医院(ネイウォン)内はやる気と活気が溢れていた。しかし大臣たちは激しく反発し、また皇太后も王殿の前に座り込んで抗議する。
夜、医女の部屋にチャングムを訪ねる中宗。チャングムは中宗を散歩に誘い、王ゆえの緊張と心痛を解きほぐすべく、アドバイスする。チャングムは、心許せる相手と語らうことも勧めるが、中宗にはそんな相手が思い浮かばないのだった。
中宗とチャングムが治療の一環として行っている散歩は、宮中の皆が知るところとなる。心配なチョンホ。皇太后はいっそのことチャングムを側室にするよう、中宗に進言。チョンホとチャングムの仲を知ったヨンセンは、中宗にチャングムの気持ちを尊重するよう嘆願。また后はチャングムに、中宗にその気がないから側室になる心配はないと告げるが・・・。
高熱から意識を失ったキョンウオン王子の病気の即断を避けたウンベク。中宗は后に、チャングムに治療を任せることを提案するが、后は拒む。チャングムは再び活人署（ファリンソ）へ戻ることに。しかし中宗のもとへはチョンホを弾劾する上訴文が引き続き届けられていた。中宗はチョンホを呼び出し、チャングムを支持する理由を問いただす。
キョンウオン王子は天然痘と判明。治療法が確立されておらず、運良く助かっても重い後遺症が残る。また伝染病でもあることから、内医院(ネイウォン)は都の視察も始めることに。その頃すでに、都では天然痘に効果があるという薬が配布され、また予防法が広められていた。視察中のイクピルたちは、天然痘患者が集められているという西の活人署（ファリンソ）へ向かう。そこはチャングムが配属されているところだった。
宮中では、キョンウオン王子の身を案じる后がやりきれない毎日を送っていた。わが身を省みず王子の隔離室へ向かう后に、中宗も胸をいためる。イクピルはそんな后の姿に、西の活人署(ファリンソ)で治療にあたっているチャングムの姿を重ね合わせる。
チョンホは宮中に辞職願を出し、チャングムはトックの家に置手紙を残し、二人で船に乗る。二人の逃亡に気付いたトックは後を追いかけ、チョンホの上司右議政も追っ手を送る。
チャングムを主治医に命じるという中宗の発言は、宮中に大きな波紋を呼んでいた。左議政はチョンホを従える右議政の策略かと疑い、しきたりを重んじる皇太后の憤りは激しかった。また内医院(ネイウォン)内でも、医務官の面子をつぶしたチャングムへの反感が生じていた。
右議政の追っ手に行く手をさえぎられたチョンホとチャングム。チョンホは考え直し、チャングムを連れ宮中へ戻ることに。その道すがら、右議政らの思惑とは逆に、チョンホはチャングムに王の主治医を引き受けるよう説得。チャンドクも支持する。
宮中へ戻り、王命を受けたチャングムへの非難は高まる一方。チャングムを支持するチョンホは、上司の右議政だけでなく、儒生や学識者からも造反される。内医院(ネイウォン)は全員、辞職願いを提出したイクピルに従う。また、チャングムに中宗との拝謁を取り持ったヨンセンは皇太后に呼び出さることに。ヨンセンは心痛のあまり産気づくが、産み月にはまだ日にちがあった・・・。
即位前、自分の元へ酒を配達に来た幼い娘がチャングムであることを思い出した中宗。チャングムとの縁を感じ、より信頼感を深くする。今一度チャングムに願いをたずねる中宗に、チャングムは活人署（ファリンソ）への異動を願い出る。
活人署（ファリンソ）での初日、チョンホが仕事の前に立ち寄ってくれていた。しかし素っ気ないチョンホに、チャングムは不安を感じる。
チャングムのいなくなった宮中では、水剌間(スラッカン)、内医院(ネイウォン)ともに立て直しを図っていた。水剌間(スラッカン)では新しい最高尚宮（チェゴサングン）が選ばれることに。
そんな時、后がチャングムを宮中に呼び戻す。后は、皇太子の義弟となる自分の息子キョンウオン王子の行く末を案じていた。チャングムに助けを求める后。后の真意を知ったチャングムは思い悩み、活人署（ファリンソ）にチョンホを訪ねる。一方、后とチャングムの会話の一部を立ち聞きした中宗は、ある決断をする。
