この世界の裏側にある、鏡のような“反転世界”。そこはギラティナだけが棲む特殊空間だった。しかし、ディアルガとパルキアの戦いにより、時間と空間が歪み、反転世界は黒い雲に覆いつくされてしまった。怒ったギラティナは、ディアルガを反転世界へ引きずり込もうとする。反転世界で起こった出来事は、現実の世界にも影響を及ぼすため、この戦いを止めないと二つの世界が崩壊してしまう。一方、旅を続けるサトシとピカチュウたちの目の前に、見たことのないポケモンが現れた。それは“花はこび”と呼ばれている、かんしゃポケモンの“シェイミ”だった。