異国情緒漂う長崎で、綾姫に瓜二つの明国の姫君がカンフーの殺し屋に襲われている所を助けた助三郎。裏に抜け荷が絡んでいると見た黄門さま。案の定、長崎奉行と結んだ商人の暗躍が浮かび上がる。再び襲いかかるカンフーを撃退する弥七の忍法。祖国を失った薄幸の姫君を助け、姿を変えた綾姫が身替りとなって悪退治に大活躍。
肥後熊本の城下外れで知り合った幼い兄妹は、可憐な手踊りで旅廻り一座の人気者だったが、生き別れになっている母の行方を探す身。その哀れさに心を打たれて母親探しに協力。大店の後家に納まる母を見つけての母子対面を計るが、母の方は義理と人情の板ばさみで名乗れない。好色な悪の企みに追い詰められた母子を救う黄門さま。
伊予に入った途端、胡麻の蠅に身ぐるみ剥がされた黄門さま一行。出逢った少年馬子が身を寄せる農家に世話になる事に。病身の母を抱えた馬子は、実は前の庄屋の妻と娘。代官と結んだ今の庄屋の無理難題に、農民達は一揆寸前。窮状を知った黄門さま、自ら黄門役を買って出るが、逆に偽黄門として牢に入れられるハメに。
道中知り合った若い男を道連れにした黄門さま一行。湯の町別府で美しい芸者を助けたが、お礼の心づくしに黄門さま初め浮いた浮いたの大はしゃぎ。だが若い男の正体は胡麻の蠅。しかもその男と芸者は代官に計られて怨み死にした廻船問屋の遺児兄妹だった。旅芝居一座の力を借りた一行が、兄妹とともに悪事を暴く仇討ち大芝居。
伊予・宇和島への道中で一行が知り合った薬売りが、姿を変えて物産問屋へ押し入った。この男こそ今評判の義賊牛鬼。その前に立ち塞がる謎の白頭巾。狙いは一枚の書き付け。藩を操る悪家老一味の陰謀に心痛める城代家老とその娘を助けて黄門さまが変幻自在の作戦に、義賊と白頭巾ともども力を合わせ、悪を滅ぼす大騒動。
